Argomento interessante e vedo che c'è già molta carne al fuoco
Per me con Naruto vale la stessa regola di Dragonball: la prima serie è la parte migliore, ma pochi se ne sono resi conto.
Partiamo dalla premessa, per me Naruto è un discreto manga. Non lo reputo un grande manga e a me ha deluso molto, ma in generale non penso sia pessimo come molti lo descrivono.
Credo che per molti sia pesato il peso dell'aspettativa. Probabilmente molti fan dei tempi sono rimasti delusi dalla risoluzione delle vicende che hanno atteso per tanto tempo, giudicandolo più negativamente di quello che realmente era.
Il manga secondo me aveva notevoli punti di forza, dati dall'ambientazioni interessante ma circoscritta ad un numero di personaggi (Konoha) preciso e ben caratterizzati.
Il mondo di Naruto e i misteri dietro ai ninja erano quello che muoveva la curiosità del lettore e molti erano in trepidante attesa di veder uscire al 100% questo potenziale.
La Shippuden è esattamente questo, solo che la trovo molto meno riuscita della prima parte.
Il primo sacrale difetto è stata appunto l'espansione del mondo. Kishimoto rende la storia più aperta a tutto il mondo ninja, portandoci in una realtà più ampia e fatta di tanti villaggi. Il problema è che mi pare chiaro che non avesse le idee chiare su questa cosa e che non avesse idea di come gestirla.
Il risultato è aver reso il mondo di Naruto incredibilmente largo, complesso e poco gestibile, mentre dall'altro gli diventava impossibile seguire come si doveva i personaggi. Quando costruisci bene decine di personaggi in un villaggio e decide di spostare la narrazione fuori da esso e includendo personaggi di altri posti, ti ritrovi con una miriade di personaggi già caratterizzati a cui non sai dare spazio.
Queste due cose mi paiono le sabbiose fondamenta della seconda parte.
A questo si aggiunge il problema tipico degli shonen. Una volta che comincia ad esaurirsi la fantasia sui combattimenti e gli stili, l'autore, per far vedere di volta in volta il salto di livello tra i nemici, si deve affidare a trasformazioni/poteri/superallenamenti, che fanno "salire di livello" il protagonista di turno.
Anche qui il difetto è genetico di manga di lungo corso (in OP è comparso l'haki, ad esempio). Dragonball ci fornisce un altro esempio chiaro: se nella serie classica ogni scontro era un'insieme di bizzarre e strane tecniche in cui Goku si metteva anche a cercare il punto debole, nella Z diventa tutto un lanciare palle luminose e la forza dei personaggi è data dal colore dei capelli, senza che il lettore veda chiaramente una differenza di stile e lotta nel personaggio.
Naruto comincia andando avanti a soffrire questo problema, che si mischia ad un altro problema piuttosto diffuso nelle storie moderne: il complesso di Gesù Cristo.
Il protagonista infatti passa dal sognare di diventare Hokage (obiettivo personale) a diventare il messia prescelto da Dio per la battaglia e che continua a impartire lezioni morali al prossimo e la cui morale è chiara limpida e cristallina come la foce di un fiume.
Ora, Naruto è un manga shonen con dei difetti, quasi tutti imputabili alla lunghezza e alla fatica di Kishimoto di trovare un modo per far muovere la storia senza lasciarsi dietro dei pezzi. Poi, di parti che ho trovato intollerabili in maniera oggettiva ce ne sono poche.
Le uniche cose che non ho seriamente digerito sono state:
1) Pain convertito da Messia Naruto che fa resuscitare tutti modello Shenron. Una trovata fastidiosa che mi ha fatto sentire preso in giro. Non puoi far morire enne personaggi importanti e poi fare questi trucchetti. Oltre al fatto che è assurdo che l'odio di Pain possa essere estinto a questo modo in qualche minuto dal protagonista.
2) Kaguya. Non riesco davvero a trovare il senso per infilare un villain finale negli ultimi 10 capitoli dell'opera.
Il resto penso sia scelta personale e cosa uno cerca nella lettura del manga.
Sulla questione omosessualità, sono concorde sul fatto che NON fossero una coppia gay e che sarebbe stato ridicolo farlo.
La tematica amorosa non è interesse della serie. Inserire a buffo una trama di questo tipo e addirittura gay sarebbe stato poco gestibile. Se l'avesse fatto avrebbe dovuto dare peso alla tematica e Kishimoto non avrebbe mai voluto farlo.
Le coppie nel manga, come in molti shonen, hanno l'unico scopo di seminare possibili eredi futuri dei protagonisti. Anche qui Dragonball docet.
E poi penso ci sia una grande differenza tra amore e cameratismo/amicizia. Differenza che molti non vogliono o non riescono a capire.
Sei arrivato col fucile puntato come se le critiche mosse fossero rivolte a te. Nessuno ti vieta di inserirti nella conversazione e di esprimere i motivi per cui tu lo consideri un capolavoro, ma cerchiamo di mantenere toni civili. Inoltre ti assicuro che, per quel che mi riguarda, sono l'ultima a prendere una posizione rigida. Ho riletto il manga tre volte, perciò non sarei credibile se affermassi a prescindere che mi fa cagare. Ma che abbia avuto un calo, così come OP in questo momento e Conan durante "il grande vuoto", penso sia obiettivo. Se poi tu non la pensi così, sarò contenta di sentire le tue motivazioni 
o che per usare la tecnica del drago acquatico ci vogliano ben 44 sigilli quando più in la soprattutto in shippuden i sigilli scompariranno. 